Gli ambienti rupestri, lungo le linee di spartiacque, fra i bacini dei grandi ghiacciai, hanno rappresentato delle isole floristiche dove hanno potuto rifugiarsi, nei periodi climatici più ostili del Quaternario, numerosi fiori alpini. Nella valle sono presenti fiori di derivazione terziaria come per esempio la Sassifraga solfina o la Sassifraga solcata.

L’elevata presenta floristica è in grado di collocare la Valle Camonica tra i beni ambientali più preziosi della nostra regione. I motivi di questa “biodiversità” floristica sono diversi e legati alla varietà degli ambienti, alla ricchezza di acque, alla presenza dei ghiacciai, alla diversa natura dei substrati geologici, alla forte escursione altitudinale, ed alla morfologia delle valli spesso soggette a differenti condizioni climatiche.
La compagine flogistica della valle si distribuisce in comunità complesse che partendo dal fondo valle giungono sino alle praterie al di sopra dei limiti della vegetazione.

Gli endemismi
Le condizioni di isolamento riproduttivo delle stazioni rupestri di quota hanno favorito il differenziamento di una flora rupicola “artico-alpina” di origine glaciale.
Tra gli endemismi principalmente presenti si segnalano la Genzianella d’Engadina, il Raponzolo minore, la Primula di Val Daone, la Viola di Thomas e il Garofono di Fleischer, per quanto riguarda i substrati acidi; sui suoli calcarei o calcareo-dolomitici sono presenti la Campanula della Carnia, la Potentilla dolomitica, la Carice candida e la rara Fritillaria delle Alpi.
Tra le molte entità non endemiche ma classificabili come rare o rarissime, la Scheuchzeria palustris e la Orchis cruenta, entrambe nuove per la Lombardia.