Anche molti flagellati si nutrono esclusivamente di alimenti liquidi, posseggono ad ogni modo, al contrario dei batteri, una "bocca cellulare".
Molti microrganismi sono dotati di apparati filtranti per l'ingestione di particelle alimentari solide, presenti nell'acqua del fango attivo.
Questi apparati filtranti permettono inoltre una selezione del cibo secondo le dimensioni adatte dell'apparato digerente.

Anche il genere carchesium, vorticella fissa, avvicina a sé, per mezzo della formazione di vortici, il suo alimento costituito da batteri.
In acqua ferma, la zona ad esso circostante sarebbe in breve tempo depauparata.
Il Carchesium compare perciò solo in acque mobili con le quali viene continuamente apportato nuovo cibo.

Si trovano filtri viventi anche tra i rotiferi. Quelli della famiglia Philodina si fissano ad un sostegno durante la formazione del vortice.
Se l'ambiente è divenuto povero in sostanze alimentari questi scivolano o nuotano verso un luogo più favorevole.
Le Philodine non sono perciò dipendenti da acqua in movimento, ma possono sussistere anche in acque ferme.
Filtri viventi tipici sono i protozoi del genere Paramecium.
Per la loro mobilità sono in grado di cercare zone con un'elevata concentrazione batteriologica.

Molti ciliati si sono specializzati, per così dire, nel "brucare" intere colonie di batteri, così come fiocchi di fango attivo.
A questo scopo le loro aperture orali sono dotate di apparati per lo più complicati, composti da ciuffetti di ciglia, membrane mobili o organi a forma di "nasse"(ceste utilizzate nella pesca).
Batteri tipici sono le specie appartenenti al gruppo degli Euplotes; questi posseggono un corpo ovale la cui parte posteriore porta numerose costolette longitudinali.

Nel seguente esemplare di Chilodonella uncinata è chiaramente visibile la "nassa" costituita da sottili formazioni a bastoncino riunite dietro l'apertura orale.
Dato che i filtri viventi, così come i brucatori reagiscono ad una unilaterale riproduzione di batteri, questi ultimi divengono spesso il bottino di questi rapaci abitanti del fango attivo.
Le prossime immagini mostrano alcuni dei ciliati che fanno appunto parte di questa famiglia di predatori specializzata nella cattura di grosse prede.
La maggior parte degli infusori fissi sopprimono altri esseri viventi di piccola taglia con l'aiuto dei loro tentacoli dalle estremità appiccicose e dalla forma tubolare.
Se un ciliato, sfiora un tentacolo nuotandovi vicino, vi resta attaccato e ne viene completamente risucchiato. In considerazione della decomposizione delle sostanze presenti nelle acque di scarico viene preteso un duro lavoro da parte del fango attivo.
Principale presupposto per il buon adempimento di questa sua prestazione, è una buona ossigenazione.

La distribuzione dell'ossigeno è da considerarsi ottimale quando la Votrticella convallaria è presente in gran numero.
In questo caso la quantità minima di ossigeno presente scende sotto i 2 milligrammi litro.

Sono da giudicare appena peggiori le condizioni rappresentate dalla presenza del Carchesium raffigurato nella seguente fotografia.

Un contenuto minimo di ossigeno, che raggiunge però ancora un milligrammo e mezzo di ossigeno per litro, è da registrare in caso di eccessiva comparsa di specie di opecularia.
Non solo l'ossigeno è responsabile della buona o cattiva salute del fango attivo, molti altri fattori permettono di influire favorevolmente o sfavorevolmente sulla sua funzione.
Di notevole importanza è la temperatura. In ogni caso, temperature troppo basse in generale causano più disturbi di quelle troppo alte.

L'arrivo delle stagioni autunnale ed invernale, e le conseguenti temperature in diminuzione portano molto spesso a comparse in massa del battere Sphaerotilus.

Lo sviluppo di questo battere è maggiormente favorito se vi è un'alta percentuale di acidi organici, scaricati per esempio da produttori di succhi di frutta. Non bisogna però dimenticare che questo battere procura spesso parecchie difficoltà al gestore dell'impianto.

Il fango viene fortemente inibito anche a causa di sovraccarichi, cioè con acque di scarico ad elevata concentrazione. Caratteristica è l'immagine al microscopio che mostra i danni prodotti in questi casi.

Questa immagine mostra una ciste, dove si riconosce chiaramente l'in-volucro che protegge l'effettivo corpo cellulare.
La presenza di numerosi cisti nel fango attivo indica periodici sovraccarichi.

L'osservazione al microscopio permette di ottenere tante altre informazioni, come:

La comparsa in massa di Zooglea ramigera, in colonie dai netti contorni, cosiddette dentriti, mostra una buona capacità di assorbimento.

Infusori, come ad esempio Phodopyra, si moltiplicano in tempi più lunghi rispetto alla maggior parte dei ciliati.
La loro riproduzione è pertanto molto più sensibile a condizioni sfavorevoli periodiche.
Perciò la presenza di infusori è un'indicazione in particolar modo di stabili condizioni favorevoli del fango attivo.

Attraverso l'immagine al microscopio, così come si può vedere se il fango sta bene, si possono notare anche tanti segni che indicano se il fango è in cattive condizioni.
Uno stato filamentoso del fango attivo, in concomitanza con l'assenza di ciliati, il più delle volte è un segno evidente di condizioni altamente tossiche.
Danni del genere sorgono soprattutto a causa dell'azione di metalli pesanti come ad esempio il rame.