I flagellati vengono situati in una posizione intermedia fra il mondo animale e il mondo vegetale.
Mediamente più grandi dei batteri, la maggior parte di questi esseri monocellulari raggiunge appena la lunghezza di un ventesimo di millimetro.
Questi organismi devono il loro nome alla presenza di uno o più filamenti mobili a flagello, che con il loro movimento permettono agli organismi di spostarsi.

I flagellati possono raggiungere una densità di parecchi milioni per litro.
A causa della loro dimensione così ridotta, la determinazione è molto difficile.
I flagellati, nella maggior parte dei casi, sono visibili al microscopio solo a campo oscuro o in caso di illuminazione in contrasto di fase.